內視鏡手術是治療尿路結石的重要方法，醫生可以透過內視鏡直接看到結石，並將結石取出或擊碎，醫師也可以透過內視鏡檢查尿路結構的變化，並加以矯治。
內視鏡手術有兩種方式：逆行性及順行性。
逆行性輸尿管鏡、膀胱鏡截石手術
將直徑只有0.2~0.3公分的硬式細長輸尿管鏡，從尿道伸入膀胱、輸尿管和腎臟，透過放大鏡，可以將泌尿系統一覽無遺，配合碎石機組，可以將結石擊碎，或是直接取出結石分析其成分。
尿路結石往往會引起腎水腫、尿路發炎、泌尿道狹窄或長出瘜肉，甚至引起癌症，這些病變也都可透過輸尿管鏡檢查獲得正確的診斷，並接受良好的治療。例如腎水腫的病人可以在體內放置雙J型引流管迅速消腫；尿路長瘜肉或懷疑有癌症病變者，可在手術當中同時作切片檢查或瘜肉切除；腎盞、腎孟或輸尿管狹窄者，可同時將狹窄處切開以利結石排出、消除腎水腫及治療尿路感染。
逆行性輸尿管鏡手術的好處是能有效擊碎結石、排除結石，並能徹底檢查整個泌尿系統，同時予以矯治；同時完全沒有傷口，對身體的損傷極少，病人恢復迅速。
目前更有最新的軟式輸尿管腎臟纖維鏡(Flexible ureteroscope)。軟式輸尿管腎臟纖維鏡的前端可以經手控彎曲，通過扭曲或困難探察之輸尿管，輕巧靈活的到達泌尿系統困難探視的角落。可以用以診斷不明原因血尿、尿路上皮細胞癌或其它腫瘤；治療輸尿管狹窄、腎臟憩室結石、困難的腎盞結石、包埋結石、體外震波治療無效結石，及上泌尿道腫瘤燒灼或切片等。
順行性內視鏡手術
又稱作經皮腎臟造瘻截石手術。手術是利用X光機或超音波儀定位，從皮膚鑽一個約2公分的小洞，通到腎臟，然後伸入內視鏡，將腎藏的結石擊碎、取出，這種手術是治療大型腎臟結石不可或缺的方法。巨大的腎結石只用體外震波碎石術，往往無法一次完全擊碎，並且擊碎後常常阻塞尿路使病情複雜，這種情況最適合先進行經皮腎臟造瘻截石手術，將大部分的結石直接擊碎取出，如果有殘餘結石，再配合體外震波碎石，如此一來，可以獲得最好的效果。
結石的處理必須根據石頭的大小、位置、成分及病人的尿路結構選擇適當的治療方式。最後用表比較各種治療方式的良窳特點，將對結石的治療有更清楚的了解。
| 住院天數 | 傷口 | 麻醉 | 排除結石 | |
|---|---|---|---|---|
| 傳統手術 | 1-2週 | 7-15公分 | 腰椎或全身麻醉 | 立即取出 |
| 逆行性輸尿管鏡手術 | 1-2天 | 無 | 同上 | 數天內排出 |
| 經皮腎臟造瘻截石手術 | 4-6天 | 1-2公分 | 同上 | 立即取出 |
| 體外震波碎石術 | 不一定要住院 | 無 | 不一定需要麻醉 | 數天~三個月排出 |
附註：「三明治療法」就是交互運用經皮腎臟造瘻截石手術、逆行性輸尿管鏡手術、體外震波碎石術，以不同的方法搭配組合，迅速去除頑石，恢復腎功能。